בשנות ה- 50 ותחילת שנות ה- 60 של המאה הקודמת היתה הנחייה אסטרטגית מפורשת וברורה של הדרג המדיני לצה"ל, לעשות הכל כדי לא לפתוח במלחמה עם ירדן, כל עוד שולט בה בעל בריתנו המלך חוסיין בן- טלאל. מי שקבעו את ההנחייה היו ראש הממשלה דוד בן- גוריון והרמטכ"ל משה דיין שסבלו מ"תסמונת ירושלים"
בעקבות כשלונם לשחרר את העיר ב- 1948. הם השלימו עם החלוקה וביטלו בתוקף רב כל נסיון לשנות את המצב, להוציא חריג אחד תכנון חבירה למובלעת הר הצופים.
למרות ההנחיה עסק צה"ל בתכניות לשחרור ירושלים המזרחית כולה (כולל העיר העתיקה) וחלקים מהגדה המערבית במסגרת תכנוני "פרגול". התכניות הללו רועננו בעיתות מתיחות ביחסי ישראל – ערב או בעת משברים פנימיים בירדן שאיימו על שלטון השושלת ההאשמית. בפעם האחרונה זה היה בנובמבר 1966 בעקבות פעולות התגמול בסמוע (מבצע "מגרסה"). תוכנית מבצעית שתורגלה בכל שנה היתה "פרגוליון", חבירה לכוח המבודד במובלעת הר הצופים ("מצוף" –בקוד הצה"לי), במקרה של התקפה ירדנית על השיירה הדו- שבועית הקבועה להר.
ראוי לדעת כי למרות ההנחייה תירגל צה"ל בסודיות מירבית את פעולתו של כוח מימשל צבאי שבראשו עמד האלוף במיל. חיים הרצוג וייעודו שליטה בירושלים המזרחית ובגדה המערבית לאחר השחרור. המצב השתנה בשנים 1963/4 כאשר התמנה לוי אשכול לראש הממשלה ויצחק רבין התמנה לרמטכ"ל. לשניים אלה לא היתה מחויבות עמוקה לדוקטרינה ההאשמית של דב"ג וה"דיאדוכים" (דיין- פרס).
מפנה אמיתי חל בשנת 1965 כאשר הרמטכ"ל רבין מינה את האלוף עוזי נרקיס לאלוף פיקוד המרכז. לעוזי היתה "חטוטרת" על גבו בדמות הויכוח ההיסטורי:
מי אשם בנפילת הרובע היהודי בעיר העתיקה בתש"ח? נרקיס היה במאי 1948 סמג"ד "הפורצים" (הגד´ ה-4 של הפלמ"ח). הוא האיש שכוח בפיקודו פרץ את שער ציון בליל 18- 19 במאי 1948 וחבר לרובע היהודי הנצור; והוא האיש שהורה בבוקר לפנות את השער לאחר שכוח תגבורת מיועד של חטיבת עציוני לא הגיע אליו. השער נתפס לאחר מספר שעות בידי הצבא הירדני הסדיר. לאחר מספר ימים נכנע הרובע. שנים רבות התנהל ויכוח מר בשאלה: מי אשם בנפילת הרובע? מח"ט עציוני ב- 1948 דוד שאלתיאל האשים את עוזי נרקיס בכשלון וקבע כי נרקיס הפקיר את שער ציון בלי פקודה ואילו נרקיס האשים את שאלתיאל ועתה ב- 1965 נרקיס הוא אלוף הפיקוד והוא מייחל לאפשרות של תיקון "הבכייה לדורות".
המתיחות שנוצרה ב= 15 במאי 1967 והביאה להיערכות למלחמה מול מצרים, הפיחה תקווה חדשה בלבו של עוזי נרקיס, אך עד מהרה נשפכו עליו מים צוננים.
אג"ם/ מבצעים במטכ"ל הוריד לו הנחייה מפורשת לפיה: עליו להיערך לבלימה במסגרת תוכנית "סדן" כדי להשאיר למטכ"ל חופש פעולה בדרום. התקוה היחידה שנותרה לו היתה אישור תכנית "המחטפים"; תכנית שכללה "שיפור" הקו הירוק
על- ידי כיבוש מתחמי אויב שולטים כמו: גבעת הראדאר, שייח´ עבד אל- עזיז, לטרון, ג´בל מוכבר (ארמון הנציב). ההנחייה לפעול בכוננות הגנתית נמשכה לאורך כל תקופת ההמתנה.
ב- 30 במאי 1967 ניצת זיק גדול של תקווה במפקדתו של עוזי נרקיס לאחר שחוסיין מלך ירדן, הפתיע, טס לקהיר והצטרף לברית ההגנה של מצרים וסוריה.
יתרה מזאת הגנרל המצרי ריאד מונה למפקד צבא ירדן. נרקיס החל ברענון מואץ של תוכניות "פרגול", אלא שאז הוטל עליו צל ענק. משה דיין החל לחזור לפעילות פוליטית אקטיבית במסגרת הכנות להקמת ממשלת ליכוד לאומי ולנרקיס היתה ברורה משמעות הדבר.
ביום רביעי 31 במאי ביקר דיין במפקדת פיקוד מרכז ברמלה לאחר שקיבל אישור לכך מהרמטכ"ל רבין. במשך שעתיים פרש לפניו נרקיס את תוכניותיו. דיין העביר מסר ברור. הוא התעניין רק בתוכניות המגננה ולא התייחס כלל לתוכניות ההתקפיות. למחרת ביום חמישי 1 ביוני, יום בו עמד להתמנות רישמית לשר הבטחון, ביקר שוב דיין בפיקוד המרכז. הפגישה עם אלוף הפיקוד ומח"ט ירושלים אל"מ אליעזר אמיתי התקיימה בשעה 10:00 בקסטל. בסיומה הנחית דיין הוראה מפורשת: "אסור לך להתעסק במחטפים ולעשות דבר אשר יסבך את ישראל עם הירדנים. אסור לך לבלבל את המוח למטכ"ל בבקשות לעזרה" יתרה מזאת-
"אפילו אם יכבשו את הר הצופים, לא לפעול עד להשלמת הלחימה בחזית המצרית". עולמו של נרקיס חשך עליו. הוא ניסה לעקוף את דיין דרך ידידו הותיק, מפקדו מתש"ח הרמטכ"ל יצחק רבין. אך גם כאן נתקל בתגובה מקפיאה. ביום א´ 4 ביוני 1967 יום לפני תחילת המלחמה ביקש נרקיס אישור לבצע את תוכנית המחטפים כולה או חלקה הרמטכ"ל ענה לו בקשיחות מספר פעמים: "אל תסתבך", והוסיף בנחרצות: "לא תהייה פעולה יזומה שלנו נגד ירדן". בבוקר יום ב´ 5 ביוני, דקות מספר לפני 08:00 טילפן הרמטכ"ל לנרקיס כדי לדווח לו על הצלחת הגל הראשון של התקיפה האוירית (מבצע "מוקד"). נרקיס ביקש מיד אישור לבצע "מחטפים". התשובה היתה חדה וברורה: "שלילי".
בשעה 09:00 לערך התקשר נרקיס לסגן רמטכ"ל חיים ברלב וביקש אישור ל"מחטפים". ברלב שהכיר היטב את האובססיה של"הקליינט" השיב: "עוזיל´ה, התשובה לא!!! ואם יש לך בעייה בהבנה יש תשובה נוספת: non (ברלב חזר זה עתה מהשתלמות ב"אקול דה- גר" בצרפת). מכאן ואילך, כמעט מידי חצי שעה, מתקשרים עוזי נרקיס וק´ האג"ם שלו אל"מ אריק רגב למטכ"ל, תוך ניצול אירועים בשטח ומבקשים אישור לפעולה.
כך היה ב- 10:00 בעקבות אש ירדנית על קבוצת תכנון של קצינים מחטיבה 10 מול בית סוריק, וב- 10:45 כאשר נפתחה אש נק"ל לאורך הקו העירוני בירושלים. עוזי התקשר בבהילות לרמטכ"ל בטלפון: "אני מעריך שגם אם הירדנים יורים כדי לצאת ידי חובה, יש לדפוק אותם. מציע לכבוש את לטרון, עבד אל עזיז וארמון הנציב. התשובה: לא (!!)
ב- 11:30 כאשר החלה הפגזה ארטילרית על ירושלים הוא מנסה שוב. התשובה:
"מותר להשיב באש מקבילה – על אש רובים ברובים ועל אש תותחים ומרגמות, בתותחים ומרגמות". לגבי תכנית "מחטפים" – התשובה "לא" בלמד רבתי. עוזי לא ידע שבמשך ארבע השעות שחלפו בין 08:00 ל- 12:00 התנהלו מגעים  קדחתניים בין ממשלת ישראל והמטכ"ל לבין המלך חוסיין ומפקדת הצבא הירדני בשלושה ערוצים מקבילים בתיווך משרד החוץ של ארה"ב, הגנרל אוד בול מפקד משקיפי האו"ם בירושלים, וועדת שביתת הנשק המעורבת ישראל- ירדן.
ישראל העבירה מסרים ברורים וחד- משמעיים כי היא איננה מעונינת במלחמה עם ירדן. ב- 12:05 הודיע סא"ל ג´רי ביברמן נציג צה"ל בועדת שביתת הנשק כי באישור הרמטכ"ל הוסכם על הפסקת אש בירושלים בשעה 12:15. עוזי נרקיס רתח מזעם על ההחלטה שהושגה בלי תיאום איתו ומאחורי גבו. אולם ההתפתחויות בשטח סיכלו את ההסדר. בשעה 12:00 נפתחה אש ירדנית כבדה לאורך כל הקו הירוק מהגלבוע ועד חבל לכיש. בין השאר נפתחה אש ארטילרית מאיזור עמק דותן על שדה התעופה ברמת דוד. חיל האויר הירדני הופעל לבצע גיחות הפצצה בשטח ישראל – בין השאר הותקפו נתניה, כפר סבא, ושדה התעופה בכפר סירקין.
הקבינט הבטחוני שהיה בדיון בלשכת ראש הממשלה אישר בתגובה את הפעלת חיל האויר להשמדת חיל= האויר הירדני בבסיסיו ואת כיבוש מרחב ג´נין- עמק דותן  על- ידי פיקוד הצפון. עוזי נרקיס זעם על ההחלטה. הוא התקשר מיד לרמטכ"ל. יש סוף- סוף אישור לפעולה נגד ירדן שאני לוחץ ומבקש מהבוקר, ואתה מאשר לדדו לפעול בשומרון מבלי שהוא ביקש בכלל. מה איתי? התשובה: "אתה יושב בשקט.
כי המעמד של ירושלים הוא רגיש ומיוחד במינו". נרקיס יודע במעורפל כי נמשכים המאמצים הדיפלומטיים והושגה הסכמה עם הירדנים להפסקת אש ב- 12:30 ואחר- כך ל- 13:30.
אך לנרקיס שיחק המזל באותו יום. מה שהכריע לזכותו היה מאורע מודיעיני הזוי שהתרחש באותה שעה במרחב התקשורתי שבין קהיר- עמאן ות"א.  בשעה 12:20 נקלט שידור רדיו גורלי במשדרי יחידת "חצב" של אמ"ן. "חצב" היא יחידה שעוסקת באיסוף מודיעין גלוי מעתונות, ושידורי רדיו וטלויזיה.
אחד הקשבים שהאזין לשידור רדיו "צאות אל ערב" (קול ערב) מקהיר קלט הודעה שנמסרה בשם דובר "אל ג´יש אל ערבי" – הצבא הערבי (צבא ירדן) לפיה צבא ירדן כבש את ג´בל מוכבר ומאונט סקופס. ג´בל מוכבר הוא ארמון הנציב שבו שכנה מפקדת משקיפי האו"ם ומאונט סקופס הוא הר הצופים. מיד נערכו בירורים עם הכוחות בשטח והסתבר כי הידיעה איננה נכונה יתר על- כן, בדיעבד התברר שהידיעה תיארה מהלך שעמד להתבצע שעתיים לאחר מכן ופירסומו בטעות טרם זמן, חשף בפני המודיעין שלנו את כוונות האויב. מכל מקום הפור נפל. היתה כאן חציית קו אדום. המידע הוכנס מיד לידיעת משתתפי הדיון המיוחד בלשכת ראש הממשלה בו השתתפו ראש הממשלה לוי אשכול, שר הבטחון משה דיין, השר יגאל אלון הרמטכ"ל יצחק רבין ורב אלוף (מיל.) יגאל ידין. אשכול אישר עתה גם את ההנחייה הנוספת של שר הבטחון: "הפעלת חטיבה 10 לכיבוש הר הצופים".
בעקבות האישור הורה נרקיס למח"ט 10 אל"מ אורי בן- ארי לקדם את יחידותיו לשטחי היערכות באיזור הקסטל ולהיות בכוננות לפריצה באיזור המוצבים שמצפון לכביש הראשי (הראדאר, שיח´ עבד אל-עזיז, נבי סמואל), כדי לכבוש את השטח החיוני שעל גב ההר (איזור א- רם – תל אל- פול שבין ירושלים לרמאללה) ולהתחבר עם הר הצופים מצפון.
אם היה עוד ספק באשר ללחימה בירושלים, בא אקט מלחמתי בוטה של הלגיון הערבי וסיכל את מאמצי הפסקת האש. בשעה 13:00 כבש גדוד חי"ר 27 הירדני את ארמון הנציב וסביבתו. בשעה 13:55 הגיע מברק מראש משקיפי האו"ם הגנרל אוד בול: "יחידת צבא ירדנית נכנסה לשטח המפורז שבאיזור האו"ם והשתלטה על בניין ארמון הנציב". חטיבה 16 קיבלה מיד הוראה לבצע התקפת נגד.
בינתיים החליט המטכ"ל בשעה 14:00 לתגבר את פיקוד המרכז בחטיבת הצנחנים בפיקודו של אל"מ מוטה גור. תחילה בגדוד אחד, ואחר- כך בכל החטיבה.
בשעה 15:05 הגיע מוטה גור וקציני מטהו לפגישה עם האלוף במפקדת פיקוד המרכז ברמלה. נרקיס הודיע לגור שמשימתו היא פריצה ישירה בצפון ירושלים לחבירה עם הר הצופים. וביתר פירוט: כיבוש בית הספר לשוטרים ושייח´ ג´ראח, כדי להתחבר להר הצופים ולנוע לאוגוסטה ויקטוריה תוך אפשרות לכיבוש גבעת המבתר.
לסיום הדגיש נרקיס: "המשימה היא להתחבר להר, אך זכור את העיר העתיקה. עליך למשוך ימינה לכיוון מוזיאון רוקפלר כדי שתהיה נכון בכל עת לפרוץ את החומה ולכבוש את העיר העתיקה.
זה היה שבירת טאבו עתיק- יומין. עד אז תמיד נאמר בתכנונים: "כיבוש העיר העתיקה יתבצע לפי פקודה מיוחדת". מוטה גור לא הסתיר באותה תקופה את שאיפתו להיות הרמטכ"ל של צה"ל. בחושיו החדים הבין כי נקרתה לפניו הזדמנות נדירה לזכות בתהילת עולם. עם כל ההערכה לצניחה קרבית באל עריש או לפעולה בקלקיליה הרי ששחרור ירושלים המזרחית עתיד להיות גולת הכותרת של השגי המלחמה ב1967. מוטה ננעל על המטרה וחבר בברית לנרקיס. מכאן ואילך יפעלו השניים בכל מאודם לשחרור העיר העתיקה כדי לסגור את המעגל מתש"ח ולהגיע לפסגת ההישג הצבאי.
גם בשלב הזה העריך משה דיין כי יוכל לשלוט במהלכי הלחימה ולאתר אותה ולהגבילה לשולי העיר המזרחית. אך לעוזי נרקיס ולמוטה גור היו תכנונים אחרים לחלוטין. על ההתפתחויות בהמשך, כיצד ניסה משה דיין בכל כוחו למנוע את שחרור העיר העתיקה ולהגיע להפסקת אש עם חוסיין, ואיך סוכלה מזימתו בסיוע השרים בגין ואלון בחלקו השני של המאמר.

ההתלבטויות לגבי התקפת נגד בירושלים תמו בשעה 14:15. עוזי נרקיס הורה למח"ט  16 לכבוש את ארמון הנציב מידי הירדנים. המשימה הוטלה על צוות קרב מאולתר בפיקוד מג"ד 161 סא"ל אשר דר שכלל את פלוגת הסיור הירושלמית, שישה טנקי "שרמן" ופלוגת חי"ר מגדוד 161. אלוף הפיקוד אמר למח"ט: "צא להתקפה, אישור המטכ"ל בדרך". הכוח יצא בשעה 14:40 לעבר חוות הלימוד הצמודה לארמון, ותוך זמן קצר פרץ לשטח הארמון וכבש אותו ואת סביבתו. הידיעה על כך "הקפיצה" את משה דיין שהורה מיד לבטל את האישור. ואכן תוך כדי מהלך התקיפה התקבלה בפיקוד מרכז הוראת ביטול מאג"ם / מבצעים.
קצין האג"ם הפיקודי רגב ורס"ן עמוס נאמן קצין האג"ם של חטיבה 16, השיבו כי המח"ט נמצא בשטח, אין להם קשר איתו ועם מג"ד 161, ולכן אין אפשרות להפסיק את הפעולה. למען האמת ההיסטורית אפשר לספר כיום  כי הם לא התאמצו ליצור את הקשר... תוך כ- 40 דקות הושלמו כיבוש הארמון, החורשות שסביבו וגבעת האנטנה שממזרח לו.
לא יאומן כי יסופר אך עם השלמת הכיבוש העביר דיין פנייה למלך חוסיין שכללה הצעה להפסקת אש ולהחזרת המצב לקדמותו... אך הפנייה נדחתה.
חטיבה 16 קיבלה אישור להמשיך בהתקפה ולכבוש את מוצב "הנקניק". המוצב נכבש תוך 45 דקות ובשעה 16:15 ניתן אישור לכבוש את הכפר צור בחר ומוצב "הפעמון" הסמוך לו. לאחר מספר דקות האישור בוטל. רק בשעה 18:20 ניתן אישור סופי. צוות הקרב של פלוגת הסיור הירושלמית השלים קרב מופת מדהים שראוי להילמד בכל מכללה צבאית בעולם. בשעה 21:00 נותקה ירושלים המזרחית מכיוון
דרום והמשימה המערכתית הראשונה הושגה.
בהמשך הלילה השיגו כוחות פיקוד מרכז הישגים מרשימים נוספים. חטיבת השיריון 10 הבקיעה את קו ההגנה הירדני הראשון בצפון הפרוזדור ובשעות הבוקר היו הטנקים שלה ממערב "לשטח החיוני" של במת ההר, סמוך לכביש הראשי ירושלים- רמאללה. חטיבת הצנחנים 55 של מוטה גור הבקיעה את קו ההגנה הירדני הראשון בצפון ירושלים המזרחית.
עד השעה 07:00 בבוקר השלים גדוד 66 את כיבוש איזור בית הספר לשוטרים גבעת התחמושת ושייח´ ג´ראח עילית. גדודים 71 ו- 28 שלחמו בשייח´ ג´ארח תחתית והשכונה האמריקאית השלימו לקראת שעה 08:00 את כיבוש כל השטח הבנוי עד לחומת העיר העתיקה, וכוח מאולתר כבש את מוזיאון רוקפלר. בשעות הבוקר החלו
מרבית כוחות החטיבה להתרכז אל מול החומה, ולהתארגן לקראת המשך ההתקפה, שהותנתה בקבלת אישור המטכ"ל לכניסה לעיר העתיקה. בשעה 09:30 דילגה מפקדת חטיבה 55 למוזיאון רוקפלר.
בטבעת החיצונית של מרחב ירושלים הצליח חיל האויר לחסום את צירי הגישה לירושלים ופגע קשה בתגבורות השריון הירדניות שניסו להגיע אל העיר.
ועתה ראוי לבדוק איך פעל הדרג המדיני בנושא שחרור העיר העתיקה, כאן עולה תמונה מרתקת של מאבק בין ראש הממשלה ומספר שרים בכירים לבין שר הבטחון דיין. שני שרים מנחם בגין ויגאל אלון הובילו החלטה לכיבוש ירושלים המזרחית, מיד. לפי בקשתו של בגין קויימה אף ישיבת ממשלה מיוחדת וקצרה במרתף הכנסת.
בגין, שפתח בדיון, עמד על שעת הכושר ההסטורית לגאול את ירושלים העתיקה והציע לפתוח ללא דיחוי במערכה לשחרורה. ההסכמה היתה כמעט כללית. במהלך הדיון נשמעו מספר הסתייגויות עיניניות כמו למשל היסוסיו של שר הפנים, משה חיים שפירא מהמפד"ל בדבר ההתנגדות הבינלאומית הצפויה להחזקת ירושלים בידי ישראל. הוא אף אמר שלא יתנגד לבינאום העיר העתיקה, אם זה יהיה התנאי  לאי- החזרתה לירדן.
שר החוץ אבא אבן קבע, שאם הדבר מתחייב מבחינה צבאית, יש לקחת את העיר העתיקה, אך אין להתחייב מה ייעשה בה לאחר מכן.
מספר שרים הסתייגו מן העובדה ששר הבטחון והרמטכ"ל אינם נוכחים בישיבה כה חשובה. אשכול מסר שדעתו של אחד מיועציו הצבאיים (קרי יגאל ידין) היא כי בנושא זה אין לקבל החלטה חפוזה. הוא סיכם וקבע כי הוא מבין שהממשלה הביעה את רצונה המאוחד לשחרר את העיר העתיקה, אבל מאחר ששר הבטחון והרמטכ"ל אינם משתתפים בישיבה, יהיה עליו למסור להם את רצון הממשלה, כדי שהבעיה תיבחן מן ההיבט הצבאי.
סמוך לחצות ב- 5 ביוני, זימן אשכול ישיבה בהשתתפות שר הבטחון, שר החוץ, יגאל ידין ומספר יועצים, במטרה לדון במימוש החלטת הממשלה לשחרר את ירושלים. אשכול אמר לדיין ברורות: "הממשלה רוצה את ירושלים העתיקה".
דיין השיב כי מבחינה עקרונית יכולה העיר להיות בידינו תוך יממה, אך הוא מתנגד להתקפה חזיתית שהיא משימה קשה שתעלה בקורבנות רבים, ולדעתו יש לכתר את העיר ולמנוע הגעת תגבורת אליה ואז תיפול בידינו ממילא "כפרי בשל".
כיוון שגם ידין יעץ לאשכול לא להחליט בשאלת ירושלים בחופזה, נתקבלה בלחצו  של דיין החלטה על כיתור העיר העתיקה. מעניין שביומנו השמיט דיין את הסיכום על העיר העתיקה, וזה כמובן לא מקרי. השפעתה של החלטת שר הבטחון באה לביטוי מעשי בבוקר ה- 6 ביוני. בשעה  07:45 קיים דיין שיחה עם הצוות הבכיר שסיכומו היה כדלקמן: "... לפנה"צ להשלים
את ההתחברות להר הצופים ואחר כך להמשיך, עד להשלמה בכיבוש הגדה המערבית. יש סיכוי טוב לסיים את כיבוש הגדה המערבית במשך הלילה. יש לכתר את העיר העתיקה, ולפתוח את שערי החומה. בשלב הראשון, ועד להוראה מיוחדת אין להכניס צבא פנימה (!!) כעבור כמחצית השעה טרח דיין להדגיש במיוחד בפני הרמטכ"ל "לא לתקוף את העיר העתיקה", למרות שידע כי המלך חוסיין דוחק בשגריר האמריקני בעמאן להפסיק את המלחמה, שאם לא כן מלכותו אבודה.
לעוזי נרקיס, התמים, שלא ידע על תכניותיו של דיין היה ברור עתה שבשלו התנאים לפריצה לעיר העתיקה. בשעה 08:30 הוא פנה לרמטכ"ל וביקש אישור כניסה. הוא נענה בשלילה (!) ב- 09:22 נפגש עוזי עם מוטה גור ואמר לו כי הוא עושה כל מאמץ לשכנע את הדרגים הממונים לאפשר לצנחנים פריצה לעיר העתיקה והוסיף: "אם לא תכנס לעיר העתיקה, תטיל ההיסטוריה את האשמה עלינו".
בצהרי ה- 6 ביוני כבשה חטיבה 10 את מוצבי המבתר והגבעה הצרפתית והוסר הכיתור מעל הר הצופים.
בשעה 12:30 עלה דיין בקומנדקאר עם אלוף הפיקוד להר הצופים, בעוד החבורה צופה מגג הספריה הלאומית על נופה המרהיב של העיר העתיקה, ביקש נרקיס מדיין שוב אישור לפרוץ לתוכה. דיין סירב בתוקף והורה לכתר את העיר ע"י כיבוש הרכס המזרחי (אוגוסטה ויקטוריה – הר הזיתים) ושב לתל- אביב.
בשלב זה הופעלו על דיין לחצים כבדים של אשכול והשרים אלון ובגין להפנות את חטיבת השריון "הראל" לתוך ירושלים המזרחית במקום לבצע את האיגוף המזרחי.
אך הוא סירב בתוקף. ביטוי ברור לכך ניתן בישיבת ועדת השרים לענייני בטחון בשעה 16:00 בת"א, שבה אושרה הצעת שר הבטחון: "לא להיכנס הלילה לעיר העתיקה ולהסתפק בכיתורה המלא; אך אם תחייב ההתפתחות המדינית את הדבר, אוכל להורות לצה"ל, בלי דיון נוסף, להיכנס לעיר העתיקה".
ההסבר היחיד להתעקשותו של דיין הוא בחששו מלחץ המעצמות הגדולות והאו"ם שימנע את כיבוש ירושלים העתיקה. הוא העריך שכיתור העיר יעניק לישראל את היתרון האסטרטגי הדרוש לכיבוש ירושלים, כיוון שצה"ל יחלוש עליה ממילא.
אי- ההבנות בין שר הבטחון ופיקוד המרכז הביאו כמעט למחדל נורא. בשעה 14:30 נתקבלה הפקודה במפקדתו של אורי בן- ארי: "חטיבה 10 תכבוש את רמאללה".
וכך בצורה אוילית מאין כמוה- יצא כוח המחץ העיקרי של הפיקוד ממרחב ירושלים למשך שעות ארוכות ועסק במשימה השולית של כיבוש רמאללה. בעיר ירושלים נותרה רק פלוגת טנקים אחת לקראת הלילה הגורלי שבו עמד להיחרץ גורל העיר לדורות.
משימת כיבוש רכס אוגוסטה- ויקטוריה הר הצופים הוטלה על חטיבה 55. ההתקפה נועדה לשעה 17:00, אך לקראת שעת ה"ש" התברר כו החטיבה אינה מוכנה. הטענה של מפקדתה היתה שפלוגת הטנקים מחטיבה 10 שהיתה אמורה לשמש כבסיס אש לריתוק הרכס, לא הגיעה כי היא תקועה אי- שם ברמאללה, וגם פלוגת הטנקים המוקטנת מחטיבת ירושלים איחרה. אם לכל המחדלים הלוגיסטיים והתכנוניים היה צידוק ביום הלחימה הראשון, שבו עלתה החטיבה לירושלים בתנאים קשים ביותר, הרי שעתה הטיעונים היו חסרי בסיס. למן השעה 08:00 היו כוחות החטיבה במוזיאון רוקפלר, ושלטו בכל השטח שמצפון לחומת העיר העתיקה. בשטח זה לא התנהלה לחימה של ממש וניתן היה לבצע את כל סדרי המינהלה כראוי. מפקדת החטיבה איבדה שעות יקרות בשל עבודת מטה גרועה ותיאומים לקויים.
ההתקפה נדחתה לשעה 19:00 והחלה רק עם חשיכה. הדבר היה כמובן בעוכרי התוקפים.
עקב טעות ניווט חמורה בחושך פנו הטנקים של הפלוגה הירושלמית וכלי הרכב של סיירת חטיבה 80 לעבר יריחו, במקום לציר היורד לואדי ג´וז בואכה אוגוסטה ויקטוריה. הם הסתבכו במלכודת אש באיזור גשר גת שמנים וסבלו אבידות רבות. כל זה אירע "מתחת לאפה" של מפקדת חטיבה 55 שישבה במוזיאון רוקפלר ולא השכילה לשלוט בכוחות. ההתקפה "נתקעה" כבר בשלבה הראשון והפכה לקרב חילוץ ממושך. הכשלון הטאקטי השפיע מיד גם בתחום האסטרטגי. בשעה 20:00 התקיים דיון במטכ"ל בו עודכן שר הבטחון "כי למרות כל הדיווחים שירושלים שבידי הירדנים מכותרת- אין זה כך. עדיין הדרך ליריחו פתוחה. אורי בן ארי ברמאללה, ומוטה תקוע מול אוגוסטה ויקטוריה. בשלב זה החל דיין לחשוש כי שעון החול הולך ומתרוקן ונחישותו פגה: "חזרתי והדגשתי שיש הכרח לכתר את העיר סופית ומיד, כדי שתהיה בידינו לפני כל לחץ להפסקת אש. כמו כן צריך למנות מושל צבאי לעיר העתיקה. ולכשתיכבש- למנוע, עד שייקבעו סדרי הקבע כניסת אזרחים ללא רשיון" – אמר.  עם זאת הוא ציפה עדיין לכניעת הירדנים: "כיבוש ירושלים אינו עכשיו אלא שאלה של שעות, ושל החלטה להיכנס לעיר העתיקה. מן הבחינה הצבאית העיר בידינו. הייתי רוצה מאד שתיכנע בלי קרב".
בינתיים הסתבכו האירועים בגזרת הקרב של חטיבה 55. בשעה 21:45 הגיע מידע מודיעיני ממפקד הר הצופים על ריכוז של טנקים ירדניים באיזור צומת אלעזריה בדרכם לירושלים. ידיעות אלה שהיו מוטעות בתכלית הביאו להחלטה על ביטול התקפת הלילה ומעבר למגננת נ"ט של חטיבה 55.
במספר מקורות מצוין כי הידיעה נתגלתה בהמשך כחסרת שחר, ברם לאמיתו של דבר אכן היתה תנועת טנקים ורכב באותה שעה. היתה זאת תנועת טנקים ורכב באיזור באותה שעה. היתה זאת תנועת הנסיגה של גדוד חי"ר 31 הירדני ממתחם אבו- דיס – א- טור ועמו פלוגת הטנקים מגדוד 5. כוח זה קיבל פקודת נסיגה כבר בשעה 17:30, אך בעקבות ביטולה כשעה לאחר מכן נשאר במקומו. הוא החל לסגת רק לאחר שהסתמנה התקפה ישראלית לעברו. רעש הנסיגה פורש בטעות כתגבורת. ראוי לציין עוד, כי שרידי הטנקים שהיו בחניון מעלה אדומים קיבלו פקודה לנוע מערבה תחת פיקוד חטיבת חי"ר 3 והחלו בהכנות לכך.
כך או כך, אלוף הפיקוד נאלץ בחריקת שיניים להורות לכוחותיו להתארגן להגנה לדחות את ההתקפה ליום המחרת לפנה"צ. התכנית היתה להפעיל בבוקר את חיל האויר נגד השריון הירדני ורק אחר כך להניח לצנחנים לתקוף את רכס אוגוסטה ויקטוריה.
וכאן בא מהלך מדיני בלתי- צפוי. בשעה 23:00 החליטה מועצת הבטחון על הפסקת אש  "באתר"– insitus בגזרת ירדן. כלומר הפסקת לחימה מוחלטת כאשר כל צד נשאר באתרים בהם הוא מחזיק. בכך התמוטטה תכניתו של דיין ועמדה להווצר "בכייה לדורות" נוספת וטרגית מקודמתה. מעניין שדווקא דיין, האיש שטבע את המושג "מלחמת ישראל מול שעון החול המדיני ההולך ואוזל", לא הביא בחשבון את גורם הזמן.
להחלטה היתה השפעה מיידית על מהלכי האויב. ב-7 ביוני בשעה 01:00 גברה ידו של מפקד צבא ירדן הגנרל המצרי ריאד, והוצאה הוראה מחודשת לנסיגה מהגדה המערבית. אולם עם קבלת הידיעה על הפסקת האש, התערב שוב המלך חוסיין בשעה 02:30 הוצאה הוראה נגדית המבטלת את הנסיגה. כל החטיבות נצטוו להשאר בעמדותיהן, ולקיים את הפסקת האש. המלך חוסיין הורה לחטיבות 27 ו- 3 "להחזיק בעמדותיהן בגזרת ירושלים – עד האיש האחרון". אין ספק שהפקודות הסותרות הגבירו את המבוכה בקרב הירדנים, אך בה בשעה היה חשש כבד לגורל ההתקפה
על ירושלים.
מה שהכריע את הכף היה מהלך של השר מנחם בגין. הוא סיפר לי על כך בשיחה בכנסת ביום ה- 20.6.1972: באותו הלילה האזין השר בגין כהרגלו מאז שנות ה- 40 לשידור החצות של רדיו הבי.בי.סי. מלונדון. בעיקר הטרידו הסעיף בהחלטת מועצת הבטחון שאמר כי בהיכנס הפסקת האש לתוקפה, יחול איסור תנועת כוחות צבאיים של כל הצדדים. מיד עם תום השידור טילפן בגין לדיין ודיווח לו על החלטת מועצת הבטחון. הוא הציע לו לשנות ללא דיחוי את החלטת הממשלה, ולתת הוראה לפרוץ מיד לעיר העתיקה. בגין הוסיף, כי הוא מוכן להביא את הצעתו לפני ראש הממשלה כדי לקבל אישור על כך.
דיין נתן את הסכמתו להצעה, אך היתנה זאת בקבלת אישור ראש הממשלה. בגין טילפן מיד אל אשכול והעירו משנתו. לאחר שהתנצל על השעה המאוחרת, פרש לפני אשכול את ההתפתחות החדשה וביקש את אישורו לפריצה ללא דיחוי לעיר העתיקה. אשכול הביע את הסכמתו והודיע כי הוא יוצא מיד ללשכתו. בשעה 03:00 זימן אליו את השרים דיין, בגין ואלון בישיבה שזכתה לכותרת "ישיבת הפיג´מות".
סוכם כי צה"ל יקבל מיד פקודה לפרוץ לתוך ירושלים העתיקה. שעתיים לאחר מכן נתכנסה ישיבה מיוחדת של הממשלה ובה מסר שר הבטחון כי ניתנו כבר ההוראות לפרוץ לתוך ירושלים. סגן הרמטכ"ל האלוף חיים ברלב נשלח לפיקוד המרכז כדי לפקח על ביצוע ההוראה.
על השינוי הדרמטי בעמדת שר הבטחון כותב הרמטכ"ל: "בשעה שש בבוקר בא שר הבטחון לחדר המלחמה והורה לכבוש את ירושלים העתיקה במהירות האפשרית". הסיבה לדעת רבין: "החול בשעון הפוליטי זירזף".
דיין הטיל עם זאת הגבלות חמורות על המבצע: "לעשות זאת בלי שימוש בנשק כבד, בלי כוחות שריון, חיל אויר ותותחים (אך אם לא תהיה אפשרות אחרת, מותר גם להשתמש בנשק זה); להתרחק מקבר ישו וממסגד עומר, אלא אם כן יהיה הכרח צבאי להמצא שם, לפתוח את שערי החומה, את שער ציון ושער יפו ולהבטיח מעבר רצוף משער שכם לשער האריות, שער כניסת הכוח לעיר".  בשעה 07:35 הגיע סגן הרמטכ"ל בטיסה למוצב השליטה של פיקוד המרכז והורה לזרז את הכניסה לעיר העתיקה. ב- 08:30 חלה ההתקפה על רכס אוגוסטה ויקטוריה – א- טור ע"י שני גדודי צנחנים מחטיבה 55 מתוגברים בטנקים.
לאחרונה פורסם כאילו בשעה 09:00 בבוקר העביר לוי אשכול מסר למלך חוסיין באמצעות צינורות קשר בריטיים ובו הציע כי ישראל לא תכבוש את העיר העתיקה תמורת הפסקת אש מיידית, הוצאת הקצינים המצריים מצבא ירדן ופתיחה בתהליך שלום ארוך= טווח. המלך חוסיין לא ענה להצעה. אין בכך כל חדש. הצעות כאלה הועברו עוד לפני כן באמצעות צינורות קשר אמריקאיים, כל ההצעות היו במסגרת תרגילי השהייה ישראליים כדי לעקוף את החלטת מועצת הבטחון של האו"ם. בשעה 09:00 לא ניתן היה לבלום את משחררי העיר העתיקה.
חטיבה 55 השלימה עד השעה 09:30 את משימתה ללא קרב וקיבלה אישור להיכנס ולטהר את העיר העתיקה. הכוח העיקרי שכלל את חבורת הפיקוד החטיבתית, 2 פלוגות מגדוד 71, מחלקת טנקים וגדוד 28, פרץ לעיר דרך שער האריות. פלוגה מגדוד 71 נכנסה דרך שער האשפות. במקביל ירדו שתי פלוגות מגדוד החי"ר 163 מחטיבה 16 במורד הר- ציון – גליקנטו ונכנסו אף הן דרך שער האשפות.
בשעה 10:00 דיווח מח"ט 55: "הר הבית בידינו". נכבדי ירושלים המזרחית נכנעו לפני מח"ט 55 ובשעה 11:00 חתם מושל ירושלים הירדני- אנוור אל ח´טיב על כתב הכניעה הרשמי. אלוף הפיקוד מיהר ועלה עם חבורת הפיקוד שלו להר הבית ומשם לכותל המערבי, בו השתתף בטקסים שערך הרב הראשי האלוף שלמה גורן.
ב- 11:00 כבר היה בדרך חזרה למפקדתו במרתף "בניני האומה".
בשעה 11:30 התקיימה ישיבת ועדת השרים לענייני בטחון. ראש הממשלה סיכם ואמר כי זאת ישיבה היסטורית: "... היום שיחרר צה"ל את העיר העתיקה. שר החוץ האמריקני פנה אלינו וביקש שנסכים להפסקת אש עם ירדן. שר החוץ שלנו, אבן, יצא לארה"ב, להשתתף בדיוני מועצת הבטחון. ההנחיה שקיבל מן הממשלה להרויח זמן, כדי שנוכל ליצור את העובדות הצבאיות הדרושות".
עתה החלה נהירה של כל המפקדים אל הכותל המערבי. שר הבטחון, הרמטכ"ל, קציני המטה, צלמים ועיתונאים הגיעו בשעה 14:00. כולם מכירים את התמונה ההיסטורית בה נראים הולכים ב"דרך היסורים" שר הבטחון, הרמטכ"ל, אלוף הפיקוד ומעט מאחור יועצו המיוחד של הרמטכ"ל האלוף רחבעם זאבי ("גנדי").
אך מעטים יודעים שכאשר הגיעה החבורה לכותל, ולאחר חיבוקי הנצחון, תפילות "הלל" וכתיבת הפתקים, פנו אלוף הפיקוד והרב הצבאי לרמטכ"ל וביקשו להביא מספר אזרחים לכותל למרות האיסור המפורש של שר הבטחון. הוא אישר להם ונשלחו שני קומנדקארים להביא את האורחים הנכבדים. כאשר הגיע הקומנדקאר הראשון ירדו ממנו הרבנים יהודה צבי קוק (הרצ"ה) והרב דוד הכהן ("הנזיר") והתקבלו על ידי הרב גורן. מן הרכב השני ירדו שני אזרחים קשישים. היו אלה
דב יוסף מושל ירושלים בתש"ח והאלוף (במיל.) דוד שאלתיאל, מפקד מחוז ירושלים במלחמת העצמאות. הם התקבלו בחיבוק חם על- ידי יריבם מ- 1948 עוזי נרקיס.
עיניו של שאלתיאל היקה הקשוח מלאו דמעות כאשר אמר: "תודה לך על שזכרת אותי ביום שכזה. את המשימה השלמנו באיחור קטן...זו החוויה הגדולה ביותר בחיי". זה היה הרגע הגדול ביותר בחייו של עוזי נרקיס אלוף "אפור", אלוף ללא יחצ"נים ומשוררי תהילה; דווקא הוא זכה להגשים את משא הנפש של דורות רבים בעם ישראל.